这部电影的故事是在上海，男主角阿勇在印度经营一家无人问津的印度神油，虽然生意惨淡，但他并没有因此而有所反思。只是浑浑噩噩的过日子，后来他的妻子和他离婚后，他的妻子知道他没有能力照顾自己的孩子，就提议将他送到海外，让他过上更好的日子。可是阿勇不愿意，他的妻子找了一名律师，说要将他的孩子送到海外，阿强是一名警察，听到阿勇对他妹妹的不公平的待遇，立刻赶了过来，阿强是个火爆的性子，拿着武器就要砸人，要不是周围的警察拉住了阿强，恐怕阿勇已经被吓破了胆，老吕的妻子告诉了阿勇，一瓶价值三万七千块，一般的病人都买不起，于是他联系了经常去印度偷渡的阿龙，让阿龙帮他弄点东西。
阿勇去了一趟印度，联系了一家制药厂，发现那里的药房只有2000元，而批发商却只要500元，阿勇就主动提出要成为制药厂的代理，经过一番努力，阿勇才说服了制药厂的老板，承诺如果他能在一个月内卖出一批药，他就可以成为制药厂的代理，阿勇带着一批药回到了中国，却发现自己的女儿得了慢性髓性白血病，不得不去迪厅跳一支舞来赚钱，所以阿勇才会选择在迪厅跳一支钢管舞来换取治疗费用。阿勇让老李帮他找来一位能讲英语的基督教牧师，老刘，也就是所谓的“基督教牧师”。
开始老刘不愿意帮勇哥出售这些药品。但在勇哥的再三催促下，黄毛终于同意了，然后老刘用英文和印度的一家公司联系，获得了中国市场的分销资格，打开了货源。勇哥的事业也跟着蒸蒸日上，有一次，一个黄头发青年从老吕的手中抢走了三瓶药品，勇哥和老刘顺藤摸瓜，很快就把这个黄头发抓到了，后来阿勇才知道，这个黄头发青年也患有白血病，为了不连累家人，早早的就离开了，把药品都送给了别的病人，所以阿勇才让这个青年帮着卖药品来还钱。
五人小队就这么组建了起来，因为价格便宜，供应也比较稳定，所以阿勇成功地拿到了经销商的经营权，大赚特赚，但天下没有永远的秘密，总有一天会被揭穿。随着这些药品在全国范围内的传播速度加快，很快就吸引了真正的格列宁制药公司，他们将这件事交给了警察，警察总局的领导让阿强去处理这件事。
阿强原本以为自己只是为了逮到一个药品贩子，所以才会这么做，但经过一段时间的研究，阿强才知道那瓶仿制药品和真正的药品是一模一样的，所以他就把这瓶仿制药当成了药品，但阿强的事业蒸蒸日上。不过，阿强的生意越来越好，因为没有经过医学书籍的审核，所以阿强才会说，这件药品和勇哥的药品没有任何关系，所以阿勇才会答应下来，但第二天，老吕却跑来告状。
一年多的时间一晃而过，阿勇的老婆忽然跑到印度，哭丧着脸，勇哥觉得自己应该去一趟印度，因为老刘的关系，勇哥觉得自己应该去一趟印度，看看能不能弄到更便宜的药物。一年多的时间一晃而过，阿黄的老婆忽然来了，勇哥觉得自己应该去一趟印度，看看能不能弄到更便宜的药物，虽然老吕已经告了他，但阿强还是召集了几个病人，让他们整理出一份清单，以五百块的成本出售。
老秦哭丧着脸对阿强说道，求求他不要去调查那些印度药了。他们花了三年时间才买到一颗真正的药，花了他们三年的时间，他们的房子和家庭都被毁了。如今他们终于找到了一种廉价的药物，却被他们诬陷成了赝品，他们抓了那些毒贩，我们这些病人都要死。
老张一开口就是二十万，阿勇怕他把印度药品的事说出去，就多给了老张二十万块钱，让他忘记印度药品的事，老张很快就被抓了起来，老张很讲义气，没有把阿勇的名字说出去，后来阿强接到了一件案子，黄毛到洗手间里方便，却看见了警察，黄毛跑了回来，自己一个人开车离开，刚要离开，却被一辆大卡车从另一头驶来，阿勇知道，黄毛之所以会死，完全是因为他救了自己。所以他必须要承担后果，因为印度制药公司因为他的投诉而停产，所以他必须要把这个消息传出去。当庭，阿勇供认不讳。
因为阿勇的初衷，仅仅是为了救人，并非为了自己的利益，所以法庭还是选择了从轻发落。当他被带进监狱的时候，那些受了阿勇救助的白血病患者，都过来给他送别。这部影片到此告一段落，《我不是药神》根据一则真实故事，男主角的本源名字叫做陆勇，那些身患癌症，依靠印度进口的药物吊着一口气，然后向其他病人推荐这些疗效确切、价廉物美的药物，被称为“药神”，而阿勇则是在生活的压力下，从一个卖保健品的商人变成了一个成功的“药神”。
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