主角麦尔斯生活在纽约市，原本只是一个很平凡的学生，新一年开学要到学校入住宿舍，却被蜘蛛咬中，成为纽约市第2位蜘蛛侠，但失控的能力使他不知所措。回到被蜘蛛咬到的地方，随即卷入蜘蛛侠与超级恶人金并之间的战斗。金并在漫画中一直是蜘蛛侠的劲敌，他是一个身形如巨人般的彪形大汉，统领全城黑帮的首领级角色，值得一题的是他曾出现在夜魔侠影集中，以黑帮的势力遍及整个城市，这角色最重要是能塑造他万人敌的气势，而在这部动画电影中正是可以感受到他的震慑力。他以大反派的身份，统领蜘蛛侠的劲敌试图发动会混乱时空的机器，那些金并手下都是蜘蛛侠的老对手，如有蝎子人、八爪博士、绿魔鬼等，反派阵容相当强势。
麦尔斯在发现蜘蛛侠后，接下来的故事是多元宇宙的开端，这场战斗中蜘蛛侠不幸被金并重创身亡，主角麦尔斯在这之前答应蜘蛛侠，他会继承蜘蛛侠的任务，阻止金并接下来可能会毁灭世界的举动。不想城市毁于一旦，亲人朋友都被恶人牵连，他只能被迫走上与恶人对抗的命运，即使他完全没有准备好。电影中看到的是一个完全没准备好成为蜘蛛侠的少年，他已经知道蜘蛛侠是何等的重要的英雄，一直守护着城市阻挡坏人的阴谋，他可以随手翻开一本漫画书，了解蜘蛛侠的故事。现在要让他成为万人景仰的英雄，却一直没有一个契机驱使他去继任，这就像在描述一个人有一天要做出勇敢的尝试，但不敢踏出这一步，在最关键的时刻停下脚步，不相信自己，充斥着满满的质疑。
我们生活中总有一些人会成为自己的动力，默默地推动自己，一句鼓励的说话已经足够我们从低谷中爬上来。这部电影安排了几位来自平行宇宙的蜘蛛侠，由他们去勉励麦尔斯，他们是彼德帕克的中年版，由另一个宇宙降临，以师傅的身份去教导麦尔斯、格温是女版的蜘蛛侠，身于另一个彼德帕克没有成为蜘蛛侠的宇宙，让麦尔斯陷入恋爱的感觉、暗影蜘蛛侠身于1930时代的宇宙、潘妮一个来自未来宇宙。
虽然说麦尔斯难以承担这份突如其来的英雄责任感，但是他拥有了知音，其他的蜘蛛侠都经历过类似的处景，他们都遇过信心危机，蜘蛛侠面具下的身份只是一位年轻人，就像我们成长的阶段，到很多事情只能靠自己承担时，我们都曾犹豫、担忧、失落，在自己做好事情的之前，我们终需踏出第一步，我们会受人鼓励而撑起来，在往后都会有机会成为鼓励者，人与人之间的关系正是这样互相支持，突显出渡过重大难关的那一份经历，这将会成为自己，也是别人的支柱。
麦尔斯在同伴的支持下，其他蜘蛛侠的失意亦有被治愈的效果，从麦尔斯非常糊涂的情况，在闹市中穿梭时会撞到很多的障碍物，不清楚自己电击及隐形的能力如何发动，到最后能鼓起勇气，在摩天大厦上一跃而下，穿梭在城市之间，孤身与金并对决，这个成长同时打动身边的蜘蛛侠，比如让女蜘蛛格温离开男友离世的阴霾、中年彼德帕克重新审视自己，人便是这样互相影响。最后，麦尔斯在受人鼓励后，终究能踏出当初不能踏出的一步，成为新的蜘蛛侠。