影片讲述的是另外的计划新特工艾伦的故事。艾伦参加了政府的基因试验，伯恩事件引起连锁反应，踏脚石计划以及CIA用药物控制强化特工的行径公之于众，令其幕后人物坐立不安。
为了阻止满盘皆输的局面出现，CIA高层决定中止该计划，并将相关特工人员以及科学家从行动中抹杀。在此后的日子里，那些深藏在国家政治最底层、依靠蓝绿药丸执行各种绝密任务的特工相继殒命。
屠刀正伸向隐藏在位于阿拉斯加崇山峻岭、暴雪深山中的特工艾伦，突如其来的炮火袭击令艾伦意识到自己所处的危险境地，在之后的日子里，他不仅要在昔日同伴的追杀中求生，还必须与负责试验的女科学家玛泰博士携手展开逃亡，两人将会揭开“绊脚石”计划的冰山另一角。
